IBM untuk Mengkomersialkan Bacaan Genom

IBM telah bermitra dengan Roche, produsen perangkat medis, untuk membangun perangkat murah yang dapat membaca genom manusia, perusahaan itu mengumumkan hari Kamis.

Meskipun teknologi mungkin masih satu dekade atau lebih jauh dari komersialisasi, setelah selesai, itu harus memberi setiap dokter cara yang murah dan cepat. meneliti susunan genomik pasien, kata Ajay Royyuru, manajer senior biologi komputasi di IBM Research.

"Biaya sekuensing genom telah turun, dan kecepatannya sudah mulai membaik, tetapi masih ada masalah dengan kecepatan, skala., throughput, serta biaya, "kata Royyuru.

Proyek ini akan menggunakan" Transistor DNA "IBM. Transistor ini mengandung nanopores, atau pori-pori yang sangat kecil, melalui masing-masing yang untai asam deoksiribonukleat (DNA) dapat dijalankan. Nanopore mengidentifikasi setiap basis DNA dengan menggunakan medan listrik. Karena nanopore dibuat sebagian dari silikon, ia harus dapat diproduksi secara massal oleh teknik litografi yang sama yang digunakan untuk membuat mikroprosesor, sehingga menjaga produksi. biaya turun, kata Royyuru.

Sementara peneliti lain juga menjelajahi penggunaan nanopores, desain seperti itu tidak dapat secara akurat membaca DNA, karena DNA berjalan terlalu cepat melalui pori-pori.

"Ini seperti mengisap spaghetti. Setelah DNA mulai bergerak melalui nanopori, ia berjalan sangat cepat. Kami telah melihat 48.000 unit DNA melalui 10 atau 20 milidetik. Pada kecepatan itu Anda memiliki sangat sedikit kesempatan untuk membaca itu dengan benar, "kata Royyuru.

Untuk memperlambat kecepatan DNA, IBM telah dibuat ke nanopore kontrol listrik untuk ratchet aliran ke kecepatan yang diinginkan. "Kami secara elektrik dapat mengontrol pergerakan DNA melalui pori-pori. Kami dapat memajukannya unit demi unit," katanya.

Meskipun teknologi sekuensing DNA telah ada sejak awal 1970-an, seluruh genom manusia tidak di-decode secara keseluruhan. sampai 2001, karena otomat yang diperlukan untuk memecahkan kode sejumlah besar pasangan basa yang perlu dibaca. DNA setiap orang mengandung sekitar 3 miliar pasang basa nukleotida.

Sementara teknologi pengurutan DNA telah meningkat sejak saat itu, masih membutuhkan biaya beberapa ratus ribu dolar untuk membaca seluruh genom manusia, kata Royyuru. Setelah siap, perangkat ini harus dapat melakukan pekerjaan di mana saja dari US $ 100 hingga $ 1.000 per membaca, Royyuru diperkirakan.

Royyuru menolak untuk menawarkan waktu ketika mesin akan tersedia secara komersial, mengutip banyak langkah yang diperlukan untuk membawa teknologi baru yang radikal untuk produksi. Dia memperkirakan akan memakan waktu sekitar lima hingga 10 tahun untuk menyelesaikan penelitian sendirian.

Anak perusahaan sequencing Roche, 454 Life Sciences, pada akhirnya akan memasarkan produk yang dihasilkan yang berasal dari kolaborasi ini. IBM akan membawa ke kemitraan keahliannya dalam membangun elektronik dan manajemen data, sementara Roche akan menerapkan pengetahuannya dalam diagnostik medis dan sekuensing genom, kata Royyuru.

Membaca kode genetik individu dapat memiliki banyak manfaat medis, Royyuru menjelaskan. Terutama akan memungkinkan dokter untuk "mempersonalisasi penyediaan perawatan medis," katanya. Misalnya, banyak obat akan bekerja pada beberapa, tetapi tidak semua, orang. Memiliki DNA seseorang di tangan akan membantu dokter meresepkan obat yang tepat. Juga, membaca genom dapat mengungkapkan kerentanan terhadap penyakit tertentu.

Mungkin penggunaan awal lainnya dapat menentukan berapa lama seseorang dapat hidup. Pada hari Kamis, para peneliti Boston University mengumumkan bahwa mereka telah menemukan apa yang tampaknya menjadi tanda tangan genetik umur panjang.

Joab Jackson mencakup perangkat lunak enterpise dan teknologi umum untuk berita

Layanan Berita IDG. Ikuti Joab di Twitter di @Joab_Jackson. Alamat e-mail Joab adalah [email protected]